Det ene utelukker jo ikke det andre, og de scriptene som generer html bør jo også caches - og hva med back-end?
Kanskje jeg tar feil, men jeg har aldri hørt noen god grunn til å ikke bruke compiler cache - APC e.l. Installer det, og deretter fortsett med app. spesifikke cache for WP, Magento o.l.
Jeg har brukt APC i rundt fem år nå, og eAccellerator og Turck Cache før det- det gir alltid gevinst, og jeg har ikke kunne påvist noe problem med å bruke det. Det er også ekstremt enkelt å installer, på host-nivå.