Det kommer vel an på hva du skal lagre, dersom det er bruker ID, eller cookies som skal brukes til automatisk innlogging og slike ting, så bør innholdet i det minste krypteres og sikres så godt som mulig.
Dette med supercookies er overvurdert, de kan være nesten umulig å bli kvitt, og det er egentlig den store fordelen, de kan ikke umiddelbart leses på andre domener, da snakker man om web beacons og HSTS data og slikt, og det er kompliserte greier.