I utgangspunktet skal det ikke ha noe å si nei!
Jeg brukte for en tid tilbake en mal jeg hadde for å oppdatere en nettside, og glemte å bytte ut GA koden og ble overrasket over at ett annet nettsted plutselig fikk dobbelt så mange besøkende, noe som kom av at to nettsider hadde samme tracking kode, og besøkende til begge nettsidene kom opp i oversikten til det ene nettstedet som koden var registrert under, så det spiller sannsynligvis ingen rolle og koden til GA finner selv ut hvilken protokoll som er i bruk og virker uansett.