Dersom du setter dette under innstillinger -> generelt i WP skal det normal fungere med themet og plugins.
Er det slik at det er en spesiell plugin eller kun i themet det ikke virker, så kan det være at "noen" har funnet på å bruke egne løsninger i stedet for å hente get_option('time_format'); for å angi det rette formatet.
Du kan også sjekke hva som er satt ved å kjøre den over og se om innstillingene dine lagres riktig i WP, og du kan vel sikkert også bruke update_option('time_format', 'H:i') for å sette dette i databasen selv.